主人公是一名高中生少年。
某天在一個神祕的夢境之中，被追問是否願意解救一名被封印的少女。
根據做出的選擇，故事將會出現兩項分歧。
一個是可遊玩「創世女神篇」的劇情，亦是《真‧女神轉生 V》中所描述的故事，主
人公被捲入天使與惡魔的戰爭，賭上世界的未來而投身戰場。
另一個則是「復仇女神篇」，主人公會與在化為沙漠的東京裡相遇的少女，
一同挑戰世界之謎，以及面對來自過去遭受迫害者們的復仇。