在很久很久以前，世界封閉於黑暗之中。瑪娜女神使用「瑪娜之劍」，將８隻災難化身的「神獸」擊倒，並將他們封印在「瑪娜之石」，黑暗時代退去，世界被創造出來。
瑪娜女神化身為樹，重此長眠，就這樣過了漫長的歲月……
但是，有一群野心份子，企圖解放８顆「瑪娜之石」的神獸，以獲得超越神的力量，來統治世界。就這樣紛爭再起，和平宣告結束……
地上的「瑪娜之力」開始急速的消失，「瑪娜之樹」也開始枯萎……
此時有四個光芒從「瑪娜之樹」飛了出來。她們用最快的速度，拼命的飛向遠方的某處求助。但一個接一個漸漸失去光輝而墜落。
最後，只剩下最後一個，墜落到聖都─溫帝爾（ウェンデル）附近……
原本不相認識的6主角與精靈菲亞莉命中注定的相遇，彷彿互相吸引般，帶著各自的願望展開一連串的宿命與拯救世界……